1535 - 1791: Parrocchiale di Provaglio, Canonici Regolari di San Salvatore
Nel 1535 la proprietà del Monastero, come testimoniato dalla lapide tuttora presente nel Chiostro, passò ai Canonici Regolari di San Salvatore, ordine composto da sacerdoti che aveva sede nella Chiesa di San Giovanni di Brescia, di cui il Monastero divenne una dipendenza.
Nello stesso periodo, anche a seguito delle direttive emanate dal Concilio di Trento, il Monastero divenne Parrocchiale di Provaglio, ed ebbero quindi inizio altre modifiche del complesso: a sud venne edificata la loggetta rinascimentale (tuttora visibile nella parte di proprietà privata del Monastero), si procedette con una ristrutturazione del Chiostro, e in Chiesa venne allungata ed alzata l’abside centrale per dare maggior risalto all’Altare Maggiore.
